Рођен у Новгороду и рано остао сироче. Нека богобојажљива удовица узме га и васпита. Видећи га као дечка Михаил, јуродиви Клопски, рече му пророчки: „Иванушка, учи се приљежно, јер ћеш бити архиепископ у овоме великом Новгороду“. И заиста доцније, по смрти архиеп. Јевтимија, би овај Јона изабран и посвећен на његово место. Беше Јона благочестив и милостив као ретко који смртан човек. Подизаше цркве и манастире и пастирствоваше као прави пастир добри. Би му понуђена столица митрополита Московског. Но он одби изговарајући се старошћу. Упокоји се мирно 5. нов. 1570. године и пресели се у радосне небеске обитељи. Сто година по његовој смрти би велики пожар у Новгороду. Усред пожара мошти овога светитеља не сагореше, него напротив, почеше после тога пројављивати целебну силу и испуштати дивно благоуханије.