Благоверни деспот Српски Јован желео је да ослободи и све српске поробљене крајеве на југу, али је то превазилазило његове снаге. Јован се молио Богу да Бог заштити његов Српски народ и да му помогне да сачува своју веру и душу. Зато је он помагао многе православне манастире, молећи монахе да се у њима моле за спасење Српског народа и за спасење његово и његове породице. Са својом мајком Ангелином и са братом Максимом, а и сам са своје стране, Јован је помагао великим прилозима и Светогорске манастире Светог Павла, Хиландар и Есфигмен, а такође и манастир Крупу у Далмацији, као и многе манастире у Срему, Бачкој и Банату. По народном предању он је са својим братом Максимом подигао или обновио манастире Прибину Главу, Месић, Фенек, Дивше, Беочин, Шишатовац и друге. Али, млади и праведни деспот Српски Јован није дуго живео на земљи. Лета живота његовог била су малобројна, али су зато била испуњена многим добрим делима м богоугодним подвизима. Он се мирно упокојио у Господу 10. децембра 1502. године у својој престоници Беркасову и чесно је погребен у цркви Светог Луке у Кушшову покрај свога светога оца. После три године, тело његово било је објављено као цело и свето, и од тада га је правоелавни народ почео поштовати као светитеља Божјег. Света мати његова Ангелина и брат му Максим, приликом свог одласка у Влашку (године 1505) код влашког војводе Јована Радула IV, узели су са собом и мошти Св. Стефана Слепог и овога Светог деспота Јована, али су их при повратку из Влашке (године 1509) опет вратили у Купиново. Када су затим они подигли своју задужбину манастир Крушедол под Фрушком Гором, тело Св. Јована са телом његовог светог оца буде пренето и положено у манастир Крушедол. Тамо се оно показало чудотворним, јер је многе исцељивала благодатна сила његова, међу којима исцели и једног Агарјанина, коме се „живи бес у утроби ваљаше“, како кажу стари записи. Такође је и један младић, који је осам година лежао болестан, добио чудесно исцељење од моштију Светога Јована. Тело Светог Јована остало је у манастиру Крушедолу све до 1716. године, када су Турци запалили манастир и у њему свете мошти светих Бранковића. После спаљивања манастира, ипак су пронађени делови светих моштију, међу којима и део стопала Светога Јована Деспота. Ове преостале свете мошти чувају се и данас у манастиру Крушедолу.